途中の鶴見駅などには停車せず、武蔵小杉駅から羽沢横浜国大駅までノンストップで運転する。羽沢横浜国大駅から先の相鉄線区間は、別に運賃が加算される（JR東日本のニュースリリースより）
JR武蔵小杉駅から「相鉄・JR直通線」に新設される羽沢横浜国大駅（神奈川区）までの片道運賃は310円（ICカードは302円、16～20キロ区間運賃）に設定され、山手線や東海道線などの主要JR各線と同じ運賃体系とした一方、羽沢横浜国大駅から相模鉄道（相鉄線）方面へは同社の従来運賃に30円が加算されることになりました。
JR東日本と相鉄がきのう（2019年2月）26日に発表したもので、武蔵小杉駅方面から羽沢横浜国大駅まではJR線となり、JR渋谷駅や新宿駅、東京駅からの運賃は550円（ICカードも同じ）に設定されています。
相鉄・JR直通線は2020年3月までの開業が予定されており、共同通信社は今年12月の開業に向けて調整が進められていると報じています。
左側が相鉄・JR直通線の羽沢横浜国大駅の駅舎（ホームは地下）、右がJR貨物の横浜羽沢駅。東海道貨物線は、平日朝を中心に小田原や藤沢方面から来る通勤客向け「湘南ライナー」の一部が都心へのルートとして使用（2018年9月撮影）
相鉄・JR直通線の電車は、武蔵小杉駅から先は、新川崎駅や鶴見駅を通るものの両駅は通過し、港北区の妙蓮寺駅近くなどの地下を貫く「東海道貨物線」を経由して羽沢横浜国大駅に停車。この間、16キロ超をノンストップで走ります。同駅から先の相鉄線区間へも直通運転が行われる予定ですが、相鉄の運賃が別に加算されます。
相鉄側では、普通運賃の150円（ICカード144円）に30円を加算した運賃額が設定され、羽沢横浜国大駅から相鉄本線と接続する西谷駅（保土ケ谷区）までは180円（同174円）、二俣川駅（旭区）までは210円（同204円）などとしています。
相鉄・JR直通線のルートイメージ（赤太線）。新川崎駅も通過する（東海道貨物支線貨客併用化整備検討協議会のパンフレットをもとに、ルートを追記し、駅名表記も地図上に追加した）
相鉄は「新線建設等にかかった設備投資費用の一部をお客様に負担いただくため、JR直通線利用の基本運賃に一定の金額を加算するものです」（ニュースリリース）と説明。同社が設定した30円という加算額は、整備主体である鉄道・運輸機構が「交通需要予測の前提条件」などを記した資料内でこれまで示してきた金額と同じです。
この資料では、2023年3月までに開業予定の「東急新横浜線」の新横浜駅（仮称）から新綱島駅（仮称）間についても、20円の加算運賃を設定したうえで需要予測計算が行われています。
なお、両社とも今年秋に予定されている消費税率の引上げが行われた場合は、増税分を運賃に転嫁するとしており、開業までには今回発表の運賃額が上昇する可能性があります。
【関連記事】
・羽沢横浜国大の「時刻表」発表、新宿行始発が6時5分、最終は23時52分着（新横浜新聞～しんよこ新聞、2019年9月6日、ダイヤを発表）
・「相鉄・JR直通線」の加算運賃、認可に際して国交省が3/12（火）まで意見を公募（新横浜新聞～しんよこ新聞、2019年2月28日）
・＜横浜市＞「相鉄・JR直通線」の品川方面乗り入れと鶴見駅への停車は諦めず（新横浜新聞～しんよこ新聞、2019年2月27日）
【参考リンク】
・相鉄・JR直通線に関わるＪＲ線区間の運賃等について（PDF、2019年2月26日、JR東日本）
・相鉄・JR直通線の運賃認可申請について（PDF、2019年2月26日、相模鉄道）
・神奈川東部方面線 付属資料（PDF、2013年、鉄道・運輸機構＝交通需要予測の前提条件として相鉄側は30円、東急側には20円の加算運賃を設定して算出している）
